Un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté en Afrique du Sud où la situation sanitaire est dégradée. Ce nouveau variant B.1.1.529 est classé comme VOC (« variant of concern ») et nommé variant « Omicron ».
Ce variant dispose d’un nombre très élevé de mutations, de délétions et d’insertions dans la protéine Spike (S), ce qui invite à la plus grande vigilance dans l’attente d’une caractérisation de la pathogénicité, d’un potentiel échappement immunitaire et d’une transmissibilité accrue de ce variant. Il présente également des mutations dans la protéine N.
Il apparaît dès lors nécessaire, en complément de la suspension à compter du 26 novembre et jusqu’au 29 novembre (00h) de tous les vols en provenance de sept pays d’Afrique Australe (Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe), de prendre toutes les dispositions nécessaires visant à détecter des cas éventuels sur le territoire national et à limiter sa circulation. Une attention particulière doit être portée sur les territoires ultramarins de La Réunion et Mayotte qui sont en lien direct ou indirect avec ces pays.
Il convient de noter que ce nouveau variant a également été détecté dans plusieurs autres pays en Israël, à Hong-Kong et en Belgique (cas importés). Aucun cas n’a été détecté en France à ce jour.
A ce stade, le variant B.1.1.529 peut être confirmé uniquement par séquençage. En revanche, ce dernier :
- ne possédant aucune mutation d’intérêt recherchée actuellement par criblage (L452R, E484K/Q), un résultat de criblage A0B0C0 peut suggérer sa présence mais n’est pas spécifique ;
- possédant la délétion 69/70, un signal dit discordant (défaut de détection d’une cible dans le gène S) avec le dispositif RT-PCR de Thermo Fisher peut suggérer sa présence.
NB : cette délétion est à identifier par la lettre D dans SIDEP dans le champ Joker 2.
1/ Consignes relatives à l’adaptation du dépistage en vue de documenter la circulation de ce variant sur le territoire national
Les consignes mentionnées ci-dessous conviennent quel que soit le statut vaccinal observé
a) Interrogatoire des personnes dépistées
Il est rappelé aux laboratoires et aux professionnels de santé réalisant un dépistage du SARS-CoV-2 de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne y ayant séjourné.
En cas de réponse positive, cette mention fait l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (dans le champ « pays de provenance »).
Une attention particulière devra être portée aux pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529. A ce jour on compte 7 pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529 : Afrique du Sud, Botswana, Eswatini, Lesotho, Mozambique, Namibie, Zimbabwe. Cette liste est susceptible d’évoluer dans les jours à venir.
b) Orientation vers un test RT-PCR
Il est demandé aux laboratoires et aux professionnels de santé d’orienter toute personne ayant séjourné dans les pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529 dans les 14 derniers jours ou ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné et se présentant pour la réalisation d’un dépistage du SARS-CoV-2 vers la réalisation d’un test RT-PCR (y compris si elle se présente pour la réalisation d’un test antigénique, il convient de lui indiquer de réaliser un 2nd test RT-PCR si elle est positive).
c) Définition de cas possible de variant B.1.1.529
Est considéré comme cas possible dans le cadre de la gestion de l’alerte sur le variant, tout cas positif :
- ayant séjourné dans un pays à risque vis-à-vis du variant B1.1.529 dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ;
- ou criblé A0B0C0 pour le SARS-CoV-2 ;
- ou dont le résultat de RT-PCR (kit ThermoFisher avec 3 cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N <28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S ;
- ou secondaire à un cas décrit ci-dessus, quel que soit son test de dépistage.
d) Réalisation du séquençage
Il est demandé de réaliser de façon prioritaire et accélérée le séquençage de tout prélèvement positif :
- d’une personne ayant séjourné dans un pays à risque dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ;
- ou d’une personne ayant eu un contact à risque avec une personne y ayant séjourné dans les 14 jours suivant son retour ;
- ou criblé A0B0C0 pour le SARS-CoV-2 ;
- ou dont le résultat de RT-PCR (kit ThermoFisher avec 3 cibles : N, ORF1ab, S) est positif (Ct pour le gène N <28) mais atteste d’un défaut de détection pour le gène S.
Les prélèvements à séquencer seront à adresser à tout laboratoire en capacité de le faire (laboratoire qui dispose d’une convention avec une ARS, laboratoire du réseau ANRS-MIE ou en dernier recours CNR). Les séquençages devront faire l’objet d’une remontée obligatoire de la séquence et des métadonnées dans la base de données nationale EMERGEN. Au besoin, des ressources biologiques pourront être transmises au CNR.
Un contact-tracing renforcé sera réalisé par les CPAM pour tous les cas possibles et les ARS pour les cas confirmés.
2/ Mesures aux frontières
A partir du 28 novembre, toute personne souhaitant se déplacer en provenance de Mayotte ou de La Réunion et à destination du reste du territoire national devra être munie d’un résultat de test ou d’examen de dépistage négatif réalisé moins de 48 heures avant le déplacement.
Des informations complémentaires sur les mesures aux frontières seront transmises ultérieurement.
Face à la menace que constituent les variants d’intérêt classés VOC par l’OMS, la pleine mobilisation de l’ensemble des acteurs est attendue sur l’ensemble des sujets. Nous vous remercions de votre mobilisation.
Pr. Jérôme Salomon
Directeur Général de la Santé
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